Довгий час робота краєзнавчого музею під час ІІ світової війни банально замовчувалася. Вперше, у 2006 році, цю завісу фрагментарно відкрила завідуюча відділом історії музею Валентина Пархомчук. У своїй публікації вона зазначала: «У роки фашистської окупації музей у місті Кіровограді певний час працював. «Але експозицію все ж було розібрано і експонати звалено у підвал музею. Музейна документація повністю знищена. Значна частина колекції була розграбована населенням. У загальному музей втратив більше 10 000 експонатів». Про рятування музею на початку окупації більш детально освітив Федір Шепель у своїй публікації 2016 року у збірнику «УПА: спогади, документи» про родину Добровольських. Так, її представник Михайло Добровольський, власник конспіративної квартири ОУН по вулиці Гоголя, 128 та борець за самостійну Україну, ставши за німців головою Ради довіри при міській управі та дізнавшись, що вони почали грабувати музей і вивозити звідти різні експонати, здійснив активні заходи. Разом із працівником музею, вірогідно із Василем Петровським (за спогадами його дочки), він зустрічався із впливовими посадовцями та ходив по різних німецьких комендатурах. Це й допомого припинити грабунки, а з часом і відкрити музей для відвідування. Михайло Добровольський у 1943 році німцями був викритий, перебував у німецьких концтаборах, а у 1946 році був засуджений радянською владою до 10 років виправно-трудових таборів. Його подальша доля невідома.
Публікація «В місцевому краєзнавчому музеї» з газети «Українського голосу» від 13 грудня 1941 року, яка представлена в експозиції, чітко визначає відкриття музею «в неділю 14/ХІІ після довгої перерви». У ній також зазначено, що музей був зовсім мало пошкоджений під час військових дій. Його експонати досить добре збереглися, а до дня відкриття працівники музею доповнили його новими експонатами – зразками художніх вишивок та орнаментів, що були зібрані в селах області. Було зроблено й уточнення про «грабіжників», які вдерлися були до музею під час окупації міста та викрали там небагато речей. Це було декілька картин та дрібничок, що на думку тогочасної дирекції музею не мали «великої музейної цінності». Музей працював тоді щоденно з 11 до 17 години, у неділю – з 10 до 16 години, а в понеділок у музеї був вихідний. Фрагмент експозиції того часу можна побачити на фотографії. Ця експозиція присвячена історії українського козацтва, зокрема часам Богдана Хмельницького, має україномовний етикетаж та грамоту Олексія Михайловича, яка і досі зберігається у музеї.
Поруч знаходиться публікація Дорошенка «Краєзнавчий музей» від 28 грудня 1941 року, яка уточнює, що у день відкриття музей відвідало більше сотні відвідувачів. Більшість серед них складали німецькі військові, які «особливо цікавляться історією та етнографією нашої області». У музеї на той час було виділено три відділи: природничий, історично-етнографічний та картина галерея. У той же час, представники музею скаржилися на замалі площі музею, на неможливість «виставляти та показувати експонати». Вони ж висловлювали думку про назрілу необхідність розширити краєзнавчий музей шляхом «виділенням для музею ще одного приміщення» для історичного та етнографічного відділів, збільшити штат наукових співробітників. У публікації зазначалося, що «треба зробити так, як це було раніше по краєзнавчих музеях, коли при них існували «Товариства краєзнавців». Такі товариства в свій час навіть випускали наукові друковані праці з різних галузей наук. По школах слід би заснувати краєзнавчі гуртки, вони також можуть дати частку роботи по вивченню нашої області. Настав час, коли краєзнавчий музей повинен згуртувати наукові сили нашої області, притягнути до цієї роботи школи, тоді можна буде розгорнути велику роботу…».